O primeiro lugar de culto no local onde hoje se encontra a Abadia de Westminster foi fundado no ano 616 após um pescador do Rio Tamisa ter tido uma visão de São Pedro. Na década de 970, São Dunstan da Cantuária fundou no local uma comunidade de Monges Beneditinos mas só entre os anos de 1045 e 1050 é que foi construída a abadia em pedra pelo Rei Eduardo, o Confessor, que aqui foi enterrado após a sua morte.
O Rei Henrique III modificou a Abadia, adoptando um estilo gótico Anglo-Francês, mas as obras só terminaram no reinado de Ricardo II. Em 1503, Henrique VII adicionou uma capela dedicada à Abençoada Virgem Maria.
Em 1534, Henrique VIII aprova o Acto de Supremacia pelo qual separa a Igreja de Inglaterra da Igreja Católica e entre 1538 e 1541 levou a cabo a Supressão dos Mosteiros em Inglaterra, Gales e Irlanda, confiscando as suas propriedades. Nessa altura, a Abadia de Westminster era a segunda mais próspera de Inglaterra a seguir à Abadia de Glastonbury, com um rendimento anual entre as £2400,00 e as £2800. Em 1540 deu à Abadia o estatuto de catedral, estabelecendo a diocese de Westminster.
Durante o Reinado da Católica Maria I, a Abadia foi devolvida aos Beneditinos que voltaram a ser expulsos durante o reinado de Isabel I. Esta transformou-a na Colegiada de São Pedro, directamente dependente da Coroa e não do Bispado.
Até ao século XIX a Abadia era o terceiro estabelecimento de ensino superior em Inglaterra, após Oxford e Cambridge.
Ao longo dos séculos tem tido um papel relevante na história da Inglaterra e do Reino Unido, como palco de inúmeras coroações e casamentos reais. Muitos monarcas britânicos e membros da família real estão sepultados na Abadia.
Lá esta enterrado o corpo do famoso físico inglês Isaac Newtone do escritor e naturalista britânico,autor da teoria de Seleção Natural Charles Darwin.